MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Staphylococcus aureus subsp. aureus ST228 plasmid pI5S5 complete sequence

Total Repeats: 237

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020535	TA	4	8	5	12	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020535	TA	3	6	24	29	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020535	TCA	2	6	37	42	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_020535	A	8	8	1080	1087	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020535	TCT	2	6	1171	1176	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_020535	CTA	2	6	1235	1240	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_020535	AT	3	6	1266	1271	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020535	GTG	2	6	1290	1295	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_020535	TCA	2	6	1303	1308	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_020535	GAA	2	6	1363	1368	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020535	A	6	6	1376	1381	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020535	TTA	2	6	1384	1389	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020535	TGA	2	6	1402	1407	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_020535	ACAT	2	8	1467	1474	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_020535	AAT	2	6	1606	1611	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020535	TTAAAC	2	12	1620	1631	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_020535	AAGA	2	8	1699	1706	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020535	TA	3	6	1770	1775	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020535	CAT	2	6	1830	1835	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_020535	AT	3	6	1864	1869	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020535	T	6	6	1885	1890	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020535	ATAGT	2	10	1916	1925	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_020535	TA	3	6	1994	1999	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020535	CTA	2	6	2000	2005	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_020535	AGT	2	6	2020	2025	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020535	TAT	2	6	2029	2034	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020535	ACTTT	2	10	2036	2045	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_020535	AT	3	6	2051	2056	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020535	AGG	2	6	2141	2146	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020535	TAG	2	6	5253	5258	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020535	ATT	2	6	5314	5319	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020535	A	6	6	5344	5349	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020535	ATCT	2	8	5377	5384	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
34	NC_020535	CAA	2	6	5402	5407	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_020535	A	6	6	5406	5411	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020535	T	6	6	5414	5419	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020535	T	7	7	5447	5453	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020535	ATT	2	6	5511	5516	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020535	AAT	2	6	5535	5540	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020535	T	6	6	5543	5548	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020535	TCT	2	6	5721	5726	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_020535	AAGA	2	8	6251	6258	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020535	TA	3	6	6322	6327	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020535	CAT	2	6	6383	6388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_020535	T	6	6	6438	6443	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020535	TA	3	6	6491	6496	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020535	AGA	2	6	6501	6506	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_020535	GAT	2	6	6538	6543	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020535	TTTG	2	8	6559	6566	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020535	T	9	9	6614	6622	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020535	A	6	6	7179	7184	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020535	A	6	6	7330	7335	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020535	A	7	7	7343	7349	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020535	CAT	2	6	7351	7356	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
55	NC_020535	TTGG	2	8	7418	7425	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020535	GT	3	6	7441	7446	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020535	CAAC	2	8	7489	7496	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
58	NC_020535	AC	4	8	7515	7522	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
59	NC_020535	CCAA	2	8	7529	7536	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
60	NC_020535	A	7	7	7589	7595	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020535	AC	3	6	7608	7613	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
62	NC_020535	CTTT	2	8	7686	7693	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
63	NC_020535	T	6	6	7691	7696	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020535	A	7	7	7702	7708	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020535	TC	3	6	7722	7727	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_020535	AAT	2	6	7741	7746	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020535	TCA	2	6	7780	7785	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_020535	AGG	2	6	7832	7837	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020535	A	6	6	7838	7843	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020535	T	6	6	8642	8647	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020535	CTT	2	6	8677	8682	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_020535	TA	3	6	8686	8691	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020535	AGCGA	2	10	8698	8707	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_020535	AGC	2	6	8722	8727	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_020535	TCT	2	6	8881	8886	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_020535	T	6	6	9600	9605	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_020535	ATT	2	6	9671	9676	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020535	T	7	7	9702	9708	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020535	T	6	6	9813	9818	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020535	A	6	6	9828	9833	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020535	ATT	3	9	9849	9857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020535	CCT	2	6	9871	9876	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
83	NC_020535	ACATG	2	10	9925	9934	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_020535	A	6	6	9942	9947	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020535	A	6	6	9951	9956	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020535	ACATG	3	15	9969	9983	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020535	ATTA	2	8	11016	11023	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_020535	A	6	6	11029	11034	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020535	AAC	2	6	11043	11048	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_020535	GAA	2	6	11448	11453	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020535	ATA	2	6	11472	11477	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020535	T	6	6	11552	11557	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020535	CTTA	2	8	11600	11607	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_020535	TAA	2	6	11611	11616	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020535	TAG	2	6	11635	11640	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020535	AT	3	6	11661	11666	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020535	TGAT	2	8	11713	11720	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020535	AAG	2	6	11779	11784	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020535	AGG	2	6	19511	19516	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_020535	TAAA	2	8	20029	20036	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020535	AT	3	6	20083	20088	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020535	ACATG	3	15	21644	21658	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020535	GGT	2	6	21695	21700	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020535	AT	3	6	22653	22658	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020535	TTA	2	6	22768	22773	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020535	TGT	2	6	22778	22783	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020535	ATT	3	9	22836	22844	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_020535	A	6	6	22866	22871	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020535	A	6	6	22926	22931	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020535	A	6	6	22938	22943	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020535	AGA	2	6	22955	22960	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020535	CAG	2	6	22975	22980	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_020535	ATCT	2	8	23000	23007	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
114	NC_020535	TGA	3	9	23009	23017	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020535	T	6	6	23061	23066	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020535	A	6	6	23067	23072	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020535	GAA	3	9	23114	23122	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_020535	GTA	2	6	23144	23149	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020535	AGA	2	6	23158	23163	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020535	AAT	2	6	23228	23233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020535	TATAA	2	10	23258	23267	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020535	TCT	2	6	23284	23289	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_020535	TA	3	6	23883	23888	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020535	CAT	2	6	23944	23949	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_020535	T	6	6	23999	24004	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020535	AAT	2	6	24025	24030	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_020535	AAT	2	6	24037	24042	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020535	ATG	2	6	24047	24052	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020535	AGA	2	6	24150	24155	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
130	NC_020535	AAC	2	6	24221	24226	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_020535	AAT	2	6	24234	24239	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020535	AGG	2	6	24242	24247	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020535	TTATT	2	10	24911	24920	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020535	AAT	2	6	26209	26214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020535	TAT	2	6	26731	26736	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_020535	TATT	2	8	26746	26753	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_020535	TAT	2	6	26815	26820	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_020535	ATA	2	6	26856	26861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020535	ATATA	2	10	27550	27559	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_020535	AAGAA	2	10	27563	27572	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020535	TAC	2	6	27603	27608	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_020535	GAAA	2	8	27706	27713	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020535	AGG	2	6	27749	27754	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020535	T	6	6	27770	27775	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_020535	A	6	6	28587	28592	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020535	T	6	6	28597	28602	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020535	TATT	2	8	28608	28615	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020535	A	7	7	28692	28698	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020535	TA	3	6	30385	30390	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_020535	AGA	2	6	30423	30428	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020535	TA	3	6	30470	30475	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020535	A	6	6	30481	30486	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020535	GTA	2	6	30525	30530	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020535	AAG	2	6	32258	32263	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_020535	CTT	2	6	32274	32279	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
156	NC_020535	T	7	7	32278	32284	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_020535	T	7	7	33033	33039	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_020535	ATT	2	6	33182	33187	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_020535	T	6	6	33235	33240	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_020535	CAT	2	6	33241	33246	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_020535	TGAT	2	8	33260	33267	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020535	T	6	6	33332	33337	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020535	ATCT	2	8	33370	33377	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
164	NC_020535	TCA	3	9	33378	33386	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
165	NC_020535	A	6	6	34308	34313	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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167	NC_020535	AATT	2	8	34345	34352	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_020535	AACGT	2	10	34378	34387	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
169	NC_020535	AATTA	2	10	34463	34472	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_020535	A	6	6	34475	34480	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_020535	TTTA	2	8	34490	34497	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_020535	A	6	6	34510	34515	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
173	NC_020535	A	6	6	34543	34548	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_020535	AGA	2	6	34553	34558	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
175	NC_020535	A	6	6	34563	34568	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_020535	TTC	2	6	34593	34598	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
177	NC_020535	CAG	2	6	34621	34626	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
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179	NC_020535	AGAA	2	8	34688	34695	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
180	NC_020535	AGA	2	6	34706	34711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
181	NC_020535	GAA	2	6	34728	34733	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
182	NC_020535	AAAT	2	8	34741	34748	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
183	NC_020535	TAATAT	2	12	34781	34792	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_020535	AAT	2	6	34809	34814	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_020535	AGT	2	6	34839	34844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
186	NC_020535	AGG	2	6	34860	34865	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
187	NC_020535	TAT	2	6	34869	34874	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_020535	TAT	2	6	34880	34885	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_020535	T	6	6	34930	34935	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
190	NC_020535	TAT	2	6	34944	34949	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_020535	GT	3	6	34950	34955	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
192	NC_020535	TTC	2	6	35009	35014	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
193	NC_020535	TAT	2	6	35052	35057	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_020535	ACATG	3	15	35127	35141	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
195	NC_020535	TAA	2	6	35142	35147	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_020535	AAG	2	6	35170	35175	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
197	NC_020535	TAAA	2	8	35187	35194	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
198	NC_020535	GTT	2	6	35200	35205	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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202	NC_020535	TA	3	6	35234	35239	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
203	NC_020535	AT	3	6	35255	35260	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
204	NC_020535	AT	3	6	35265	35270	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
205	NC_020535	AT	3	6	35277	35282	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
206	NC_020535	TA	3	6	35296	35301	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
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218	NC_020535	GAA	2	6	36706	36711	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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222	NC_020535	T	6	6	36856	36861	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.